Gananoque rappresenta la porta d'accesso settentrionale all'arcipelago delle Thousand Islands, dove 1.864 isole punteggiano il fiume San Lorenzo tra il lago Ontario e il bacino atlantico. Il conteggio deriva dal rilevamento dei confini della International Joint Commission del 1909, che definì un'isola come qualsiasi massa terrestre superiore a un piede quadrato che sostiene due alberi vivi tutto l'anno. Il substrato roccioso di granito risale allo Scudo Precambriano, esposto dal ritiro dei ghiacciai 12.000 anni fa e modellato dalle intemperie nelle secche arrotondate che punteggiano le moderne carte di navigazione. George Boldt commissionò il suo castello ispirato al Reno su Heart Island nel 1900, importando scalpellini italiani e giardinieri scozzesi per realizzare una residenza estiva di 120 stanze per sua moglie Louise. La costruzione si interruppe bruscamente nel 1904 in seguito alla sua morte; la tenuta rimase abbandonata fino a quando la Thousand Islands Bridge Authority ne assunse la gestione nel 1977. Oggi il castello accoglie 125.000 visitatori all'anno, accessibile solo via acqua. La posizione strategica dell'arcipelago lo rese una zona contesa durante la guerra del 1812: le fortificazioni su Chimney Island e Grenadier Island rimangono visibili dalle imbarcazioni di passaggio. Sebbene le ricerche per la crociera con cena alle 1000 Isole a Gananoque puntino al lungomare della città, nessuna crociera serale con cena opera attualmente dai moli di 280 Main Street. Kingston, 30 chilometri a ovest, ospita partenze al tramonto e a pranzo a bordo di battelli a pale a tre ponti e navi da pranzo vetrate. La flotta di Gananoque si concentra sui giri turistici diurni: il percorso di 90 minuti per il Boldt Castle attraversa l'American Narrows, passando davanti al ponte pedonale di Zavikon Island, spesso identificato erroneamente come il ponte internazionale più corto del mondo, sebbene entrambe le sponde si trovino all'interno del Canada. Ivy Lea, 12 chilometri a est, funge da punto di imbarco secondario per crociere panoramiche sotto il Thousand Islands International Bridge. Il completamento del St. Lawrence Seaway nel 1959 ha innalzato i livelli dell'acqua di due metri, sommergendo moli storici e strutture costiere. Gli operatori di crociera moderni navigano lungo canali segnalati per evitare le secche sommerse; la variazione di profondità varia da tre a 75 metri all'interno del corridoio centrale dell'arcipelago. La stagione di navigazione va da maggio a ottobre, quando le temperature dell'acqua consentono un'operatività sicura e un passaggio libero dai ghiacci attraverso i piloni di supporto del ponte internazionale.